宝菩提院文書（長門国司下文―治承元年九月日；後白河法皇院庁下文―治承三年八月十八日；雑訴決断所牒―建武元年九月十二日；雑訴決断所牒―建武元年九月十二日；関東下知状―建長元年七月二十三日 ほか）東福寺文書（源頼朝書状―（年未詳）三月一日；六波羅下知状―承久三年八月十四日；後堀河上皇院宣―天福元年四月二十六日；六波羅施行状―寛元二年十二月七日；藤原頼嗣袖判下文―寛元四年十一月十三日 ほか）「尊経閣古文書纂」のうち、社寺文書を中心とした古文書群で、神社が二群、仏寺が一五群、総数は八四五点である。内訳は、石清水八幡宮文書＝一三二点、加茂社文書＝一四点、仁和寺心蓮院文書＝一九点（以上、三群を「社寺文書」一として集成）、宝菩提院文書＝九九点、東福寺文書＝一九五点（以上、二群を「社寺文書」二として集成）、長福寺文書＝一四五点、大覚寺文書＝一五点、大光明寺文書＝一二点（以上、三群を「社寺文書」三として集成）、高野蓮養坊文書＝二七点、南禅寺慈聖院文書＝四八通、天龍寺真乗院文書＝一四点、天龍寺周悦関係文書＝二三点、西興寺文書＝二〇点、園城寺実相院文書＝二一点、清水寺文書＝一〇点、神護寺文書＝二一点、青蓮院文書＝二九点（以上、九群を「社寺文書」四として集成）。社寺文書の内容は、所領の安堵状や補任状が多くを占めるほか、寄進状や田地売券、祈?状など多岐にわたる。石清水八幡宮文書は、多くの別宮・社領を有した石清水八幡宮の古文書群で、所領安堵や土地相論に関する古文書が多く残り、『史料纂集古文書編 尊経閣文庫所蔵石清水文書』（八木書店）に翻刻されている。東福寺文書は、京都五山に列せられ、武家政権から庇護を受けた東福寺から流出したものの一部で、足利尊氏の自筆祈祷状などが伝わる。また、末寺や別院の運営、寺家の経
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