週刊少年ジャンプ連載「めだかボックス」のTVアニメ第2期。DVD第6巻。TVアニメ第1期で、風紀委員長・雲仙冥利との戦いに勝利した黒神めだか。第2期ではこの戦いにより、「フラスコ計画」を巡る新たなる戦いが繰り広げられる。都城王土を中心とする十三組の十三人 (サーティン・パーティ)に対し、「フラスコ計画」を潰すため、めだかたち生徒会が全力で闘う! アニメ制作はガイナックス、監督は佐伯昭志が引き続き担当。 風紀委員長「雲仙冥利」との戦いに勝利した「黒神めだか」。この戦いによって、箱庭学園は「フラスコ計画」を巡る新たなる戦いの火蓋が切られた。目安箱により、箱庭学園理事長「不知火袴」総帥に呼び出されためだかは、新たな依頼を受ける。雲仙の戦線離脱を理由に、自分の主宰するプロジェクトに参加してほしいとめだかに頼む不知火袴。「私は便宜上、それを「フラスコ計画」と呼んでいます。」『十三組の十三人』を擁する「不知火袴」の野望、天才を人工的に作り出すこと――。『十三組の十三人』の王土により、フラスコ計画の全貌を聞かされためだかはある決意をする。「生徒会長権限を発動させるぞ、善吉よ。フラスコ計画を今日中に叩き潰す!!」 第11話、第12話収録。 特製リーフレット封入。スーパーピクチャーレーベル仕様。
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